مع مراعاة اختصاصات لجنة الرقابة والتفتيش في حزب البعث العربي الاشتراكي، والجهاز المركزي للرقابة المالية، و إدارة التفتيش القضائي في وزارة العدل، تمارس الهيئة الاختصاصات التالية:
أ ـ إبداء الرأي في مدى صحة التعليمات والبلاغات والقرارات وما يماثلها الصادرة عن الجهات الإدارية، وتتبع انعكاساتها وثغراتها وأخطائها من خلال التطبيق.
ب ـ مراقبة تنفيذ الخطط الاقتصادية والثقافية، والتربوية والتعليمية، والصحة في مواعيدها، ومدى تحقيقها الأهداف المقررة لها، وللهيئة في سبيل ذلك القيام بكل ما يمكنها من تحقيق هذه المهمة.
د ـ العمل على تعزيز دور الرقابة الشعبية وفق أحكام هذا القانون.
هـ ـ إبداء الرأي في الحسابات الختامية.
و ـ الرقابة الآنية على أداء المهمات من قبل العاملين في الجهات التابعة لرقابة (الهيئة) للوقاية من الخطأ والاستمرار عليه، والطلب من الجهات العامة بموافقة (رئيس مجلس الوزراء) وقف إجراءات العمل أو المهمات في حال احتمال وقوع ضرر على الأموال العامة أو وقوعه فعلاً.
ز ـ التحقق من سلامة الإنفاق العام، والتأكد من كفايته لتحقيق الأغراض المتوخاة وتجنيب الأموال العامة وممتلكات الشعب الهدر والضياع.
1 ـ تمكين ( الإدارة ) من الإحاطة بكيفية سير الأعمال في الجهات التابعة لها، وضمن الولاية العامة للهيئة، بما يكشف عن مواطن الخلل والهدر، وأسباب قصور الإنتاج، ودواعي عدم كفاية تنفيذ الخطط.
2 ـ اقتراح أسباب تطوير العمل، وزيادة الفعالية الإنتاجية.
3 ـ مؤازرة ( الهيئة ) في أداء مهماتها.
ج ـ تتولى ( الرقابة الداخلية ) ما يلي:
1 ـ تحقيق المخالفات الإدارية والمسلكية.
2 ـ تحقيق ما يمكن أن تقف عليه أو ما يحال إليها من الإدارة أو( الهيئة ) من شكاوى المواطنين.
3 ـ وضع اليد على ما يتعلق بالجرائم الاقتصادية وسائر المخالفات والجرائم الواقعة على المال العام والمرتكبة من قبل العاملين في الجهات التابعة لها، والتحفظ على وقائعها وأدلتها إلى حين مباشرة الجهات المختصة تحقيقها.
4 ـ تحقيق بعض القضايا المتعلقة بالجرائم المشار إليها في البند /3/ بتفويض من الهيئة.
5 ـ تنفيذ أعمال رقابية وتفتيشية محددة من خلال خطط عمل سنوية أو طارئة تضعها الإدارة بالاتفاق مع الهيئة.
د ـ تقدم ( الرقابة الداخلية ) تقارير بنتيجة أعمالها إلى( الإدارة ) التي تبلغها إلى( الهيئة ) بعد إبداء الرأي فيها، دون أن يخل ذلك بحق ( الإدارة ) في اتخاذ الإجراءات الإدارية والمسلكية في نطاق اختصاصاتها العامة، وتعامل تقارير الرقابة الداخلية التي تعمدها رئاسة الهيئة، معاملة تقارير ( الهيئة ) نفسها.
يتمتع المراقبون في أجهزة الرقابة الداخلية بحصانة النقل والندب والتأديب، فلا يجوز نقلهم أو ندبهم أو معاقبتهم من رؤساء المختصين إلا بموافقة رئيس الهيئة.
ح ـ بحث الشكاوى التي يقدمها المواطنون من مخالفة القوانين والأنظمة ومن الإهمال في أداء واجبات الوظيفة، ومعالجة اقتراحاتهم فيما يبدو لهم بقصد تحسين الخدمات والنظام وسير العمل وسرعة إنجازه.
ط ـ الكشف عن المخالفات الإدارية والمالية، والجرائم التي تقع من العاملين في الجهات التابعة لرقابة الهيئة في مناسبة أداء العمل، وتحقيق هذه المخالفات ومتابعتها مسلكياً أمام الجهات المختصة، وفي حدود القوانين والأنظمة النافذة، واقتراح الوسائل الكفيلة بتلافيها والحيلولة دون تكرار وقوعها، وفحص الطلبات التي تحال إليها بشأن هذه المخالفات والجرائم من الجهات العامة أو من المنظمات الشعبية.
ي ـ تحقيق قضايا الكسب غير المشروع المنصوصة في القانون ذي الرقم /64/ والتاريخ 15/6/1958 وتعديلاته والقرارات المنفذة له، بناء على تكليف من (رئيس مجلس الوزراء). ويتمتع المحقق في هذه الحال بالصلاحيات والاختصاصات الممنوحة للجان المنصوصة في القانون والقرارات المشار إليها.
ك ـ مراقبة حسن تنفيذ خطط الحماية الصحية ومدى تحقيقها أهداف الدولة في حماية الصحة العامة، بما في ذلك حماية العاملين في مختلف النشاطات الإنتاجية.